Rund 100 Jahre später wird Beuron ein landsässiger Stift der Herrschaft Mühlheim. Ab dem Ende des Dreißigjährigen Kriegs versuchen die Augustiner, ihre Rechte auszubauen, sich von Mühlheim zu lösen und gleichzeitig, sich dem Einfluss Österreichs zu erwehren. Dazu strebt es nach der Reichsstandschaft. Als der Erwerb einer reichsritterlichen Herrschaft scheitert, versucht Abt Rudolf Reichel, für das Bärenthal mit dem Schlösschen Ensisheim die Reichsunmittelbarkeit zu erlangen und lässt dafür zahlreiche Dokumente fälschen. Obwohl sein Betrug auffliegt, gewährt Österreich der Abtei 1791 die Territorialhoheit. Das war es aber auch schon. Vertreter des nur 500 Untertanen zählenden Staats Beurons erscheinen weder im Reichstag noch im Schwäbischen oder Österreichischen Kreis. Nach dem Ende des Zweiten Koalitionskriegs fällt Beuron 1802 an die Grafschaft Hohenzollern-Sigmaringen und endet mit Dominikus Mayer als letzten Abt das Klosterleben.