Der Apfelstetter Vulkan entstand im Tertiär und ist der südlichste von circa 350 bislang nachgewiesenen Ausbrüchen, die als Schwäbischer Vulkan zusammengefasst werden. Als das bei Apfelstetten aufsteigende Magma auf Grundwasser traf, kam es zu einer verheerenden Wasserdampfexplosion. Die Wucht war so gewaltig, dass die oberen Gesteinsschichten weggesprengt und zahlreiche Felsbrocken weit durch die Luft geschleudert wurden. Das Magma selbst gelang jedoch nicht bis ganz an die Oberfläche, sondern blieb nahe der Barbara-Kirche als mindestens zwei Kilometer tiefer Vulkanschlot stecken. Nach dem Ausbruch verkitteten sich Teile des Magmas mit vulkanischer Asche und zurückfallenden Gesteinsteilen zu vulkanischem Tuff. Durch die anschließende Verwitterung wurde dieses tonig und somit wasserundurchlässig. Der bei der Explosion entstandene Sprengkessel, Maar genannt, füllte sich mit Wasser. Anders als sonst auf der Schwäbischen Alb üblich, konnte dieses nicht durch den kalkhaltigen Untergrund versickern, sondern bildete einen mehrere Millionen Jahre bestehenden Maarsee.