Zwei Jahre nach Beginn der Arbeiten weigern sich die Brüder, die Kirche einzuwölben. Es kommt zum Eklat, in dessen Folge der Münchner Architekt Johann Michael Fischer einen neuen Plan verfasst und die weiteren Arbeiten übernimmt. Der Streit entpuppt sich bald als Glücksfall für den Abt. Denn zu der Zeit ist Fischer – neben dem Würzburger Balthasar Neumann – der beste Baumeister im Gewölbebau. Unter seiner Leitung gelingt es, das Gewölbe 1747 zu schließen. Hierzu setzt Fischer wandgebundene Pfeiler an den Längswänden ein, die den Innenraum gliedern.
Nachdem das Zwiefalter Münster Unserer Lieben Frau 1750 zur Reichsabtei erhoben wird, ist die neue Kirche 1785 vollendet. Heute gilt die Wallfahrtskirche als Glanzstück einer deutschen Wandpfeilerkirche. Sehenswert sind außerdem die Decken- und Wandmalereien, allen voran das Hauptfresko am Tonnengewölbe des Langhauses. Dabei ist die Arbeit des Barockmalers Franz Joseph Spiegler aus Wangen das zweitgrößte Fresko Deutschlands und der Höhepunkt der Deckenmalerei des Rokoko. Zuletzt finden wir den Schweigeengel nett, der auf das Briefgeheimnis achtet.